分层碾磨制粉是根据近几年研讨的现代脱皮（分层）制粉技能，并结合黑小麦的结构特性和营养机理，而研讨出先用脱皮机脱去表皮、外果皮、内果皮，再由磨粉机碾削种皮、珠心层、糊粉层（根据面粉要求）的加工技能。整个过程可概括为：“先去皮，后裸麦加工”的制粉技能。

由于黑小麦籽粒结构的特殊性、高硬度、种皮呈黑色（或浅黑色或紫色或蓝色或浅黑色或浅蓝色）、则其胚乳呈白色，运用传统的制粉技能不只出粉率低，并且粉质粗糙，色泽欠安。

因而采用分层碾磨制粉技能，不只能够提升出粉率，提升面粉质量，下降生产本钱，改进面粉的食用质量和烘焙质量，还能有用地分离黑小麦的黑色素层，改进黑麦粉的色泽，还可充分利用黑色素进行再加工，加工成食物添加剂和高纤维食物，而黑麦麸皮可用于双歧因子蛋白饮料的生产。